Управление образовательной организацией осуществляется на основе единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом образовательной организации является руководитель образовательной организации - директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.

Общее собрание (конференция) работников  организации является одним из коллегиальных органов управления. Общее собрание создается в целях расширения колллегиальных, демократических форм управления, реализации права работников организации на участие в управлении, а также развития и совершенствования образовательной деятельности.

Педагогический совет является постоянно действующим органом коллегиального управления МБОУ СОШ № 21, формируемым из штатных педагогических работников организации, для рассмотрения основных вопросов. В состав педагогического совета входят: директор, его заместители, педагогические работники. В состав педагогического совета входят только штатные работники образовательной организации.

Совет организации - это представительный коллегиальный орган государственно-общественного управления, имеющий полномочия по решению вопросов функционирования и развития организации, формируемый из представителей руководства и работников организации, обучающихся старше 14 лет и родителей (законных представителей) обучающихся, не достигших возраста 18 лет, а также из представителей местного сообщества.

Совет родителей - коллегиальный орган управления организации, создаваемый с целью учета мнения родителей (законных представителей) обучающихся по вопросам управления организацией и при принятии локальных нормативных актов, затрагивающих права и законные интересы обучающихся и их родителей (законных представителей).

Совет обучающихся "Флотилия" - коллегиальный орган управления, формируемый по инициативе обучающихся с целью учета мнения обучающихся по вопросам управления организацией и при принятии локальных нормативных актов, затрагивающих права и законные интересы обучающихся.